Mar Menor est une grande lagune triangulaire qui s'étend sur plus de 11 M du N au S, avec une largeur maximale de 5 M. Dans la partie centrale, la profondeur atteint 6 à 7 m, généralement sur fond de vase et d'algues. La largeur de bande côtière couverte de moins de 5 m d'eau, est généralement inférieure à 1 M. La teneur en sel de l'eau de la lagune est particulièrement élevée. Les îles Mayor, Perdiguera, du Ciervo, Redonda et Sujeto ainsi que l'îlot de La Galera sont dispersés dans la partie S de la lagune. La bande de rivage étroite et basse et fortement urbanisée est appelée La Mango del Menor. La lagune communique avec la pleine mer via trois étroits chenaux appelés "golas" : la Gola de Marchamalo dans la partie S de La Mango, accessible aux petites embarcations à fond plat, la Gola del Estacio, au centre, et la Gola de la Llana, au nord.
Accès : Le port Tomás Maestre est enclavé sur la rive Nord Est de Mar Menor et le canal del Estacio qui relie la Méditerranée à Mar Menor est le seul accès navigable entre les deux mers. Chenal traversé par un pont tournant (ouverture toutes les deux heures de 08h à 22h pendant 1/4 d’heure et ouvertures supplémentaires en haute saison à 11h et 21h) ; Los Escolletes : VQ(3)W.5s7m3M ; Quai intérieur N : Fl.R.5s7m3M ; Quai S : Fl.G.5s7m3M ; Canal del Estacio, 1re paire de bouées Fl.G.5s5M, Fl.R.5s5M.